最近まわりのお客様でoffce2003にsp3をいれたらファイルが読めなくなたとの相談を受け調べてみたところ、ソフトがおかしくなったわけではなくsp3をいれると古いフォーマット形式のファイルを読めなくなったということがわかった。
以下のページを参考にしていただければと思います。

http://codezine.jp/a/article/aid/2114.aspx

http://news.goo.ne.jp/article/wiredvision/business/2008news1-15244.html

SP3がでてすぐインストールしている方で、急に読めないファイルがあるといった方は、openofficeをインストールすることで回避するとよろしいと思います。
以下がページになります。

さくらサーバー